Fundación en el Valle de Atemajac
Finalmente los 63 peninsulares sobrevivientes (13 andaluces, 16 castellanos, 6 extremeños, 9 montañeses, 8 portugueses y 11 vascos) entre los que se encontraban Juan Cristóbal de Oñate, Antonio de Mendoza, Miguel de Ibarra, el desleal marqués Nuño de Guzmán, hallaron un lugar seguro contra el ataque de los pobladores del lugar en el valle de Atemajac (en un sitio llamado Tetlán por los nativos). El martes 14 de febrero de 1542 fundaron Guadalajara por cuarta y definitiva vez.
En agosto llegaron a la villa el título de ciudad y el escudo de armas.
Beatriz Hernández :
En la narración acerca de esta última fundación de Guadalajara, se nombra a Beatriz Hernández, una de las pocas mujeres que acompañaron a los primeros vecinos de la villa. La historia cuenta que fue ella la causante de la fundación de la villa en el valle de Atemajac.
Fue hasta el año de 1542, cuando se asentaron definitivamente en el actual sitio del Valle de Atemajac sesenta y tres familias europeas a instancias de una valerosa mujer: Doña Beatriz Hernández, que demandó a la comunidad a no volverse a mudar, y decidieron conservar este sitio. Aunque la elección pareció desventajosa por la mala calidad de la tierra, la falta de agua y la carencia de buenas comunicaciones, lo plano y extenso de la llanura ofrecía mejores condiciones para protegerse de los ataques.
Cuando Mendoza y Oñate declararon fundada la villa, los pobladores no se atrevían a vivir, debido al miedo por los tres intentos fallidos anteriores en que los indígenas cocas y caxcanes los habían expulsado de las fundaciones precedentes.
Sin embargo Antonio de Mendoza propuso la fundación de la nueva villa; sus acompañantes temerosos y desconfiados por las experiencias vividas dieron gritos de protesta, hasta que Cristóbal de Oñate sacó su cuchillo y lo clavó en el tronco de un árbol que tenía frente a él (a espaldas del lugar que actualmente ocupa el Teatro Degollado, en el centro de la ciudad) y declaró fundada la ciudad de Guadalajara, en nombre del rey (por eso actualmente se considera que Oñate fue el fundador de la ciudad). El desorden continuaba, nadie estaba de acuerdo con el sitio, hasta que se paró junto a Oñate la señora Beatriz Hernández, quien a gritos se hizo el silencio, y la mujer dijo casi gritando: «¡Gente, aquí nos quedamos, el rey es mi gallo y aquí nos quedamos por las buenas o por las malas!». Un momento después se escucharon aplausos y vítores de alegría. Todos aceptaron el lugar elegido y mostraron su apoyo. En muchos aspectos, el área no era una buena elección, pero era ideal para evitar ataques de los pobladores locales.
El 10 de diciembre de 1560, Guadalajara se convirtió en la capital de la Nueva Galicia y más tarde en la Sede del Obispado, comenzando a tener importancia fundamental como centro de actividades en el occidente del país, sirviendo de puente comercial entre Europa y Oriente.
Al inicio, las actividades de sus habitantes fueron principalmente la cría de ganado y el cultivo de cereales y frutos, y en menor escala fue la minería. Pronto toda la región resultó propicia para la ganadería y la agricultura. Se fundaron enormes haciendas que dieron fuerza a la naciente ciudad, convirtiéndola en centro de abastecimiento y comercio de todo el Occidente de la Nueva España.
