Línea del tiempo de la colonia en Guadalajara
En el mes de agosto de 1542, llegaron a su destino las reales cédulas expedidas por el emperador Carlos V y I de España, en noviembre de 1539, en las cuales concedía a Guadalajara el título de ciudad y escudo de armas. El día 10 de agosto de 1542 se pregonaron ambas cédulas en la plaza mayor de la novel y definitiva Guadalajara, con los honores que tales mercedes requerían.
Por real cédula signada en Toledo el 10 de mayo de 1560, se dispuso que la Real audiencia de la Nueva Galicia, cajas y oficinas reales se cambiasen de Compostela a la atemajaquense Guadalajara. El 31 de agosto de 1560 se expidió real cédula y bula que autorizaron el traslado del Obispado de Compostela a Guadalajara.
La actual Guadalajara se formó del crecimiento y unión de tres núcleos primitivos de población: Mezquitán, Analco y Mexicaltzingo, que en 1667 se anexaron a la ciudad, fenómeno importante para la posterior consolidación del municipio. Por mandato real de fecha 18 de noviembre del año 1791, se dispuso la fundación de la Universidad de Guadalajara en la ciudad del mismo nombre, capital del Nuevo Reino de Galicia. La inauguración de este centro cultural fue el 3 de noviembre de 1792, teniendo como sede el excolegio de Santo Tomás.
En 1793 se instaló en esta ciudad la primera imprenta de la región, el 4 de diciembre de 1786, el rey Carlos III expidió la ley que establecía el sistema administrativo de intendencia en Nueva España, titulada “Real Ordenanza para el Establecimiento e Instrucción de Intendentes de Ejército y Provincia en el Reino de Nueva España” Con base en este ordenamiento legal el antiguo Reino o Provincia de Nueva Galicia quedó mutilado y a partir de entonces fue conocido bajo el nombre de Intendencia de Guadalajara, teniendo como capital a la ciudad de su título. Este nuevo sistema político-administrativo perduró hasta las primeras décadas del siglo XIX,