La historia de Guadalajara tiene 499 años.
Fundación de Guadalajara:
Antes de su asentamiento actual, Guadalajara tuvo otros tres asentamientos que son Nochistlán, Tonalá y Tlacotán (Ixtlahuacán del Río)
Antecedentes de las cuatro fundaciones:
Hacia 1521 Hernán Cortés pidió a Nuño de Guzmán la exploración y la conquista del Occidente de Nueva España. Nuño de Guzmán fue acompañado por 500 soldados españoles y 15,000 mexicas sometidos, los mexicas eran utilizados como guías y trabajadores en las minas que se fueran encontrando. El interés era dominar las tierras de los grupos Caxcanes, que estaban del otro lado de la Barranca de Huentitán. Nuño de Guzmán derroto a los caciques de la región y, como no existían grupos indígenas poderosos en esa región, decidió ponerle a las tierras conquistadas Guadalajara, en honor a la ciudad española de Guadalajara.
Nochistlán:
Guadalajara en un principio estuvo en la Mesa del Cerro (a la orilla de Nochistlán en la provincia del Teúl), hoy conocida como San Juan. La fundó el 5 de enero de 1532, Juan Cristóbal de Oñate quien al efecto había sido comisionado por Nuño de Guzmán. Este deseaba contar con una ciudad que le sirviera para asegurar sus conquistas y a la vez poderlas defender de la belicosidad de los naturales. La Villa de Guadalajara la fundaron 42 vecinos; el nombre de Guadalajara lo tomaron en recuerdo de Guadalajara, España, cuna de Nuño de Guzmán.
Poco duró la Villa en este sitio, con la anuencia de Guzmán, Cristóbal de Oñate, Miguel de Ibarra y Sancho Ortiz, el 19 de mayo de 1533, proyectaron mudarla de lugar en donde hubiera más agua, mejores medios de comunicación y menos Tolvanera.